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O Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (PPGCC) da Unesp foi criado em 2005, com reconhecimento da CAPES também em 2005. Atualmente oferece o curso de Mestrado em Ciência da Computação, com conceito 3.
O programa possui uma área de concentração "Computação Aplicada", com quatro linhas de pesquisa.
O objetivo desse programa é formar pesquisadores nas linhas oferecidas, através do fortalecimento de suas formações em computação, bem como de suas capacidades de desenvolver pesquisas de fronteira em computação.
Uma característica interessante do programa é o seu funcionamento multicampus, ao ter participantes dos campus de São José do Rio Preto, Bauru, Rio Claro e Presidente Prudente. As aulas das disciplinas necessárias para integralização dos créditos são oferecidas primordialmente em Rio Preto e Bauru. O trabalho de orientação se dará fundamentalmente nas unidades a que pertencem os orientadores.
Espera-se do candidato ao ingresso no curso de mestrado uma formação preferencial nos cursos da área de Computação e Informática, podendo, dentro de condições especiais, serem aceitos alunos oriundos de cursos de áreas afim, que mostrem um bom conhecimento de computação.
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